Naruto kemudian lulus menjadi genin, dan satu team dengan Sasuke dan Sakura. Team mereka disebut Team 7 yang diketuai olehKakashi. Saat menjalankan tes dengan Kakashi, Naruto, Sasuke dan Sakura nyaris tidak lulus, karena melihat kekompakan team antara Naruto dan Sasuke maka Kakashipun meluluskan mereka, Dengan alasan yang pernah pernah dikatakan temannya Obito dari klan Uchiha, yaitu "orang yang tidak taat akan peraturan adalah sampah tapi orang yang membiarkan temannya menderita lebih hina dari pada sampah!!" Misi Naruto dan yang lain dimulai, yaitu mengawal seorang penduduk negeri Air. Naruto, Sakura, Sasuke dan Kakashi berhadapan dengan dua ninja kuat pelarian dari negeri kabut yaitu Haku dan Zabuza yang dikirim oleh seorang gangster kaya raya untuk menghentikan pembangunan jembatan oleh penduduk negeri air yang miskin. Pertarungan sengit terjadi,Haku hendak menyerang Naruto tetapi malah terkena Sasuke yang melindungi Naruto. Mengira Sasuke tewas Naruto marah serta chakra Kyuubi pun terlepas membuat Haku kewalahan. Kakashi yang hendak menghabisi Zabuza dengan jurus raikiri mengenai Haku yang melindungi Zabuza. Karena terharu atas pengorbanan Haku dan merasa dikhianati oleh pihak gangster yang malah mencoba membunuhnya, Zabuza pun mengamuk dan membunuh ketua gangster dengan kunai kecil di mulutnya. Akhir pertarungan Zabuza tewas disamping Haku. Penduduk negeri air pun menamai jembatan baru itu dengan nama jembatan Naruto sebagai tanda terima kasih dan penghargaan kepada Naruto yang telah membangkitkan semangat penduduk negeri Air.
Hokage 3 memanggil para Jounin Konoha untuk mendiskusikan mengenai ujian chunin antara Konoha dan Sunagakure. Para Jonin sepakat untuk mengadakan ujian dan mengirim ninja - ninja pilihan mereka. Saat pendaftaran ujian Naruto, Sasuke dan Sakurabertemu dengan banyak saingan baru yang kuat antara lain, Gaara, Kankurou, Temari, Rock Lee, Neji Hyuga dan lain - lain. Ujian awal dimulai dengan tes tertulis, berkat Naruto sebagian besar peserta dapat lulus. Ujian kedua berupa pencarian gulungan di hutan. Diluar dugaan, Naruto, Sasuke dan Sakura diserang oleh salah satu sannin legendaris Orochimaru yang menyamar menjadi peserta. Orochimaru menandai Sasuke sebagai calon pengikutnya. Naruto dan yang lainya berhasil lolos berkat Kabuto yang banyak memberi petunjuk pada Naruto, Sasuke dan Sakura. Sementara itu, Kiba, Hinata dan Shino menyaksikan kehebatan Gaarayang mengerikan. Babak ketiga dimulai, Kabuto tiba - tiba mengundurkan diri membuat Naruto keheranan. Pertarungan sengit dimulai antara Sakura versus Ino, Neji versus Hinata, Naruto versus Kiba, Garaa versus Rock Lee dan lain - lain. Pertarungan demi pertarungan berakhir dengan mengharukan, Naruto yang melihat kekejaman Neji saat melawan Hinata, dan hinata berjanji untuk mengalahkan Neji. Pertarungan Lee melawan Garaa adalah yang paling sengit dimana Lee terpaksa menggunakan serangan pamungkasnya ura renge, membuat Garaa terdesak dan nyaris gelap mata membunuh Lee apabila guru Guy tidak datang tepat waktu untuk menghentikannya. Sementara itu Kakashi memberikan pembatas segel yang diberikan Orochimaru pada Sasuke. Kakashi nyaris bertarung dengan Orochimaru yang tiba - tiba muncul. Disini juga terungkap bahwa Kabuto adalah mata - mata Orochimaru.
Hokage 3 memberikan masa istirahat dan latihan untuk para peserta selama 3 bulan sebelum babak ke-4 dimulai. Naruto pun dilatih oleh guru pribadi Konohamaru untuk latihan berjalan di atas air. Sedangkan Kakashi melatih Sasuke. Naruto yang menjalani latihan dengan guru barunya ini bertemu dengan seorang pertapa aneh yang mengaku bernama Jiraiya sang sannin katak. Jiraiya lalu membuka segel dari Orochimaru saat babak kedua. Naruto lalu memaksa Jiraiya untuk mengajarinya jurus baru karena menganggap Jiraiya telah mengganggu latihannya. Jiraiya mengajarkan jurus pemanggilan. Semula Naruto hanya dapat memanggil seekor berudu merah kecil, setelah Jiraiya melemparkannya ke tebing, Naruto berhasil memanggil Gamabunta. Jiraiya tertarik pada sifat Naruto yang penuh tekad dan pantang menyerah menjinakkan Gamabunta.
Sepulang latihan, karena kelelahan Naruto dibawa Gamabunta ke rumah sakit. Di rumah sakit, Naruto mendapat kunjungan dari Shikamaru. Mereka berdua lalu mendapati Garaa mencoba membunuh Lee yang sedang tidur. Saat guru Guy muncul Garaa ketakutan dan pergi. Garaa pergi memata - matai latihan Sasuke dan Kakashi, Ia ketahuan oleh Kakashi. Gaara memutuskan untuk pergi. Malamnya Ia membunuh shinobi negeri bunyi yang mencoba membunuhnya di bawah bulan sabit merah.
Babak keempat dimulai. Naruto akhirnya bertarung melawan Neji yang kuat, dengan tekad dan kecerdikannya Naruto pun dapat mengalahkan Neji serta memenuhi sumpahnya pada Hinata yang kebetulan menyaksikan pertarungan itu. Shikamaru mengalahkanTemari dengan kecerdikannya, tetapi malah menyerah diakhir perttandingan padahal ia bisa menang. Kankorou mengundurkan diri membuat Shino kesal. Pertarungan Sasuke dan Garaa memakan waktu paling lama, karena Sasuke terlambat datang bersama Kakashi. Garaa di desak oleh Sasuke hingga terpaksa bersembunyi di dalam perisai pasir dan hendak mengeluarkan Ichibi. Sasuke melancarkan serangan Chidori membuat perisai pasir hancur dan Garaa terluka untuk yang pertama kalinya. Ichibi nyaris keluar, semua kacau saat terdengar ledakan di gerbang Konoha, Kazekage menyerang Hokage 3 dan para ninja negeri pasir dan bunyi bergerak menyerang, Konoha dalam bahaya.
Garaa yang terluka dibawa lari oleh Kankorou dan Temari ke hutan, sementara Sasuke mengejar mereka. Para penonton tertidur karena terkena serangan ilusi dari Kabuto yang menyamar sebagai anggota ANBU. Hanya beberapa ninja yang tidak terpengaruh, antara lain Kakashi, Guy, Sakura dan Shino. Naruto yang terkena dibangunkan oleh Sakura, sementara Shikamaru pura - pura pingsan pun dibangunkan. Shikamaru, Sakura dan Naruto mengejar Sasuke dibantu oleh pakkun. Kazekage ternyata adalah Orochimaru yang menyamar, Hokage 3 pun memulai pertarungan sengitnya dengan Orochimaru yang memanggil Hokage 1 dan Hokage 2 dengan jurus terlarang untuk membunuh Hokage 3. Kankorou bertarung dengan Shino yang muncul tiba - tiba, keduanya draw. Sasuke mengalahkan Temari lalu mengejar Garaa. Sasuke nyaris terbunuh oleh Garaa. Untungnya, Naruto dan Sakura tiba. Shikamaru melawan para ninja bunyi tetapi kehabisan cakra. Dia ditolong oleh Asuma disaat kritis. Garaa menyerang Sakura, membuat Naruto yang semula ketakutan pada Garaa menjadi marah. Sasuke yang sudah lemah tidak dapat menolong Naruto. Garaa berubah menjadi Shukaku. Naruto hendak memanggil kamabunta, tetapi malah kamagichi yang keluar. Katak kecil putra kamabunta. Naruto berhasil memanggil kamabunta dengan cakra rubah ekor sembilannya. Pertarungan sengit terjadi, Naruto dan kamabunta menang melawan Garaa. Sementara di Konoha, Hokage 3 menggunakan jurus mematikan yang mengharuskan penggunanya mengorbankan nyawa untuk menghisap nyawa Orochimaru. Malangnya, Orochimaru lolos dan hanya roh kedua tangannya yang terhisap. Pertempuran berakhir dengan mundurnya musuh dan kematian Hokage 3.
Seusai pemakaman Hokage 3, dua sosok menyaksikan Konoha yang sudah porak - poranda dari kejauhan. Mereka adalah anggotaAkatsuki yang dapat diartikan sebagai fajar dan juga bisa menjadi artinya kiamat, tergantung penulisannya dengan kanji. Kakashi mendapatkan informasi mengenai organisasi akatsuki dari Jiraiya. Sasuke diundang oleh Kakashi untuk minum di sebuah kedai, dimana di kedai tersebut dua anggota akatsuki tadi sedang istirahat. Kurenai dan Asuma tiba, mereka mengikuti dua anggota akatsuki tadi. Kurenai dan Asuma kaget saat mengetahui bahwa salah satu dari mereka adalah Itachi Uchiha. Seorang clan Uchiha yang membantai seluruh anggota clannya serta merupakan kakak kandung Sasuke yang ingin Sasuke bunuh. Itachi ditemani oleh seorang pengkhianat dari negeri kabut, Kisame Hoshigaki. Juga senior dari Zabuza. Asuma dan Kurenai nyaris kalah hingga Kakashi tiba. Pertarungan Kakashi dan itachi dimenangkan Itachi. Kakashi terluka mental karena jurus ilusi Itachi. Guy tiba dan membuat Itachi serta Kisame kabur.
Para penasehat Konoha menemui Jiraiya dan memintanya untuk menjadi Hokage ke-5. Jiraiya menolak dengan alasan masih ada satu sannin lagi yang lebih baik daripada dirinya dan Orochimaru dan ahli dalam bidang medis. jiraiya mengajak Naruto mencari sannin ketiga tersebut. Kakashi yang terluka akibat serangan Itachi dirawat di rumah sakit. Sasuke yang datang menjeguk tanpa sengaja mendengar percakapan para jonin mengenai Itachi yang datang ke Konoha mencari Naruto. sasuke dengan amarah mencari Itachi. Naruto bertemu dengan Itachi dan Kisame di hotel saat Jiraiya sedang pergi bersama gadis yang sudah dihipnotis oleh Itachi. Sasuke tiba tepat waktu, tetapi Itachi terlalu kuat untuk Sasuke. Itachi menghajar Sasuke hingga babak belur. Naruto yang mencoba menolong cakranya diserap pedang milik Kisame. Naruto nyaris ditebas, untungnya Jiraiya tiba tepat waktu. Itachi dan Kisame melarikan diri karena merasa tidak dapat menandingi Jiraiya. Guy tiba sesaat kemudian dan slah menendang Jiraiya. Sasuke yang terluka parah dibawa kembali ke Konoha oleh Guy, sementara Naruto dan Jiraiya meneruskan mencari sannin ketiga.
Jiraiya menjelaskan pada Naruto mengenai bahayanya Akatsuki lalu mengajarkan Naruto jurus baru yang dulunya merupakan salah satu jurus handalan hokage 4 yaitu "Rasengan". Naruto dengan susah payah mempelajarinya. Naruto menggunakan "kagebushin" miliknya untuk mengeluarkan rasengan. Perjalanan berlanjut. Jiraiya dan Naruto tiba di sebuah desa. Naruto dan Jiraiya akhirnya bertemu dengan shizune dan Tsunade. Naruto yang mengetahui Tsunade adalah calon Hokage 5, Naruto marah dan menantang Tsunade bertarung. Dengan mudah Tsunade mematahkan serangan "rasengan" Naruto. Melihat keteguhan Naruto, Tsunade menantang Naruto untuk menguasai jurus itu dalam waktu satu minggu. Naruto semula menolak tetapi setelah diiming - imingi kalung hokage 1 yang harganya mahal, Naruto bersedia. Di luar dugaan, Kabuto dan Orochimaru menemui Tsunade dan bernegosiasi bahwa bila Tsunade menyembuhkan Orocimaru maka dia akan menghidupkan Adik dan Pacar Tsunade yang lama meninggal. Tsunade minta waktu untuk berfikir. Jiraiya mengjaak Tsunade minumkemudian mengancam Tsunade bila membantu Orochimaru maka dia akan membunuh Tsunade. Sementara itu, Shizune menceritakan pada Naruto mengenai masa lalu dan penderitaan Tsunade semenjak kehilangan orang yang di sayanginya. Naruto yang mendengar cerita itu terpacu untuk menuntaskan jurusnya. Tsunade menyaksikan latihan Naruto, kemudian mencampurkan obat diminuman Jiraiya. Kemudian ia pergi menemui Orochimaru dan Kabuto. Orochimaru nyaris dibunuh Tsunade tapi Kabuto menghalanginya. Tsunade memutuskan untuk tidak menolong Orochimaru. Pertempuran sengit antar Sannin dimulai saat Jiraiya tiba. Naruto menghantam Kabuto dengan Rasengan. Pertarungan semakin memuncak saat ketiga sannin memanggil mangaa masing - masing. Gamabunta dan Manda terlibat pertarungan sengit. Dimana puncaknya, Manda kabur. Orochimaru dan Kabuto pun melarikan diri. Naruto dan Tsunade beradu argumen lagi di restoran menyebabkan keduanya duel lagi. Kali ini Tsunade tidak memukul naruto melainkan memberikan hadiah berupa kalung dan kecupan di kening.
Beberapa hari sesudah pertarungan sannin yang dahsyat, Naruto telah kembali ke Konoha. Tsunade membicarakan masalah operasi untuk menyembuhkan Lee akibat menggunakan 'urarenge' saat melawan Garaa di Ujian Chuniin. Operasi kemungkinan gagal, Guy maupun Lee kaget.tetapi Guy tetap, meyemangati Lee. Sementara itu,Sasuke yang baru dikalahkan oleh Itachi menjadi kesal,iapun kesal karena merasa tersaingi oleh Naruto yang makin kuat. Saat Sakura dan Naruto menjenguk, Sasuke malah menantang duel Naruto. Pertarungan keduanya cukup sengit, hingga nyaris beradu kekuatan, untungnya Kakashi muncul dan melerai keduanya. Diluar Konoha, para ninja bunyi handalan Orochimaru tiba.
Keempat ninja bunyi andalan Orochimaru Tayuya,Sakon,Kidomaru,dan Jirobou datang ke Konoha untuk menjemput Sasuke ke tempat Orochimaru setelah diperintah Orochimaru pada malam hari mereka bertemu Sasuke terjadi pertarungan antara Sasuke dan Tayuya,Sakon,Kidomaru,dan Jirobou setelah pertarungan itu mereka mengajak Sasuke pergi dari Konoha mereka mengatakan tentang kekuatan yang akan diberikan Orochimaru mereka akan menungu Sasuke di luar desa pada malam harinya Sasuke segera menningalkan Konoha sebelum pergi Sakura bermadsud menyakinkan Sasuke untuk tidak pergi tetapi gagal setelah malam pada pagi esoknya harinya segara di ketahui Tsunade dan segera memerintahkan Shikamaru untuk membuat tim untuk membawa pulang Sasuke setelah berkeliling Konoha tim terbentuk tim terdari Shikamaru,Chouji,Kiba,Naruto,dan Neji Pengejaran Sasuke di mulai.
Pengejaran terhadap sasuke ternyata tidak semudah yang mereka bayangkan. 5 Ninja bunyi sudah siap menghadang Tim Shikamaru dkk. Mereka adalah bawahan Orochimaru yang memiliki kekuatan sangat hebat dan sangat kuat. Dan pada akhirnya mereka melawan para ninja bunyi dengan taruhan nyawa. Pertarungan pertama dimulai oleh Chouji melawan Jiroubou. Yang dimenangkan oleh Chouji setelah ia menelan pil merah terakhir yang bisa mengubah lemak dalam tubuhnya yang sangat gemuk menjadi chakra. Pertarungan selanjutnya giliran Hyuga Neji, pemilik Byakugan dengan Kidoumaru. Pertandingan ini juga dimenangkan oleh pihak Shikamaru dkk. Setelah Neji menerima sengaja serangan terakhir kidoumaru yang berbentuk panah berwarna emas yang terbuat dari jaring yang keluar dari mulut kidoumaru, yang kemudian Neji menyalurkan chakra melalui jaring-jaring itu untuk merusak jaringan organ dalam kidoumaru. Selanjutnya pertarungan oleh Shikamaru dengan Tayuya, serta Kiba dengan Sakon, yang tak lama kemudian Naruto pun bertarung dengan Kimimaro, keturunan terakhir keluarga Kaguya pemilik kemampuan klan tulang yang bisa memanipulasi tulang dalam tubuhnya. Tapi kemudian Naruto digantikan oleh Rock Lee atau Gejimayu yang tiba-tiba saja datang setelah proses penyembuhan operasi tulang belakang dirinya. Dan semua pertarungan itu dimenangkan oleh tim Shikamaru setelah dibantu tiga Shinobi dari Sunagakure yang tidak lain adalah Gaara, Temarin, dan Kankuro. Pertarungan dengan ninja bunyipun berakhir dengan kemenangan. Tapi pengejaran Sasuke tetap dilakukan oleh Naruto seorang diri. Dan pengejaran berlanjut.
Diperbatasan negara Hi Naruto berniat membawa kembali Sasuke ke Konoha namun keduanya malah bertarung dengan saksi patung para pendiri konoha Hokage Pertama dan Madara Uchiha (pendiri klan uchiha). saat pertarungan segel Kyuubi lepas satu sementara Sasuke memasuki Joutai 2 dan pertarungan itu dimenangkan oleh Sasuke karena Sharingannya telah bangkit dan berada pada level 3 (setingkat dengan Kakashi)
Setelah kejadian itu Jiraiya membawa Naruto untuk berlatih selama 3 tahun dan menjadi murid resminya dan juga bertujuan untuk memperkuat Naruto ketika Akatsuki bergerak lagi.
Cerita ini merupakan flash back yang menceritakan masa lalu Kakashi yang ketika berumur 12 tahun sudah menjadi jounin. Ia sekelompok dengan Obito Uchiha dan Rin dengan gurunya yang kelak disebut dengan Hokage Keempat. Misinya adalah menghancurkan jembatan namun di tengah-tengah penyusupan mata kirinya rusak. sementara itu obito berhasil membangkitkan sharingan dan mereka berdua berhasil menyelamatkan Rin namun Obito tertindih batu dan memerintahkan Rin untuk memindahkan matanya untuk Kakashi sebagai hadiah perayaan kenaikannya menjadi Jounin. Dengan mata pemberian Obito kakashi berhasil menjatuhkan musuh namun mereka muncul semua sehingga gurunya menggunakan ninjutstu ruang dan waktu datang menyelamatkan mereka. Setelah kejadian itu pandangan kakashi yang juga merupakan anak dari Konoha Shiroii Kiba menghargai nilai persahabatan lebih dari apapun. Ayah kakashi mati bunuh diri karena memilih menyelamatkan rekan satu tim yang terancam daripada menyelesaikan misi sehingga ia dikucilkan. pandangan Kakashipun demikian saat Rin tertangkap ia memilih maju menyelesaikan misi namun di tengah jalan ia berubah pikiran karena Obito. Hal yang paling disesali Kakashi adalah kematian Obito.
Setelah 3 tahun berlalu, Naruto dan Jiraiya pun kembali ke Konoha. Sesampainya di Konoha, diapun bertemu dengan Sakura, Hinata, Shikamaru, Chouji dan teman-teman lainnya semasa genin. Ternyata mereka telah menjadi chuunin, kecuali Shikamaru yang sudah melebihi yang lainnya dengan menjadi Jounin. Bersamaan dengan kembalinya Naruto dan Jiraiya, di Negara Suna terjadi kehebohan besar, yaitu Gaara (yang sekarang menjabat menjadi Kazekage) diculik oleh Deidara dan Sasori dari Akatsuki. Gaara yang sebenarnya memiliki kekuatan besar, kalah dalam tipuan serangan yang digunakan oleh Deidara. Gaara yang tidak sadarkan diri pun dibawa oleh Deidara dan Sasori ke markas Akatsuki. Mendengar kabar bahwa Gaara diculik Akatsuki, Naruto pun tidak tinggal diam. Ia bersama Sakura dan Kakashi segera menuju Suna. Tak hanya mereka bertiga, Kelompok Guy juga mendampingi mereka dengan menempuh rute yang berbeda. Selain itu nenek chiyo yg merupakan ahli pengobatan dari suna juga ikut dalam tim kakashi untuk menyelamatkan gaara yg dibawa oleh sasori yg merupakan cucuya. akhirnyatim penyelamat gaara berhasil menyusul akatsuki, dan dgn bantuan dari tim guy sakura berhasil menghancurkan pintu masuk gua yg merupakan tempat persembunyian akatsuki,setelah itu pertarunganpun tak terelakkan lagi.sakura bersama nenek chiyo bertarung melawan sasori,sedang naruto bersama dgn kakashi melawan deidara.
Berawal dari keterangan yang didapatkan oleh sakura dari sasori, maka naruto berniat mencari sasuke di sebuah jembatan tempat pertemuan rahasia yang diadakan oleh sasori dan mata-matanya yang bersama orochimaru. Hokage ke-5 kemudian mengutus team 7 yaitu sakura, naruto, yamato ( sebagai pengganti kakashi yang sedang sakit setelah bertarung dengan deidara) dan sai ( sebagai pengganti dari sasuke). Setibanya di tempat rahasia tersebut, yamato menyamar sebagai sasori namun ternyata ketahuan oleh kabuto ( dulu mata-matanya sasori). akhirnya orochimaru muncul dan terjadi pertarungan antara yamato vs orochimaru + kabuto. naruto dan sakura datang membantu, untuk melawan orocimaru, naruto memakai kekuatan kyubi miliknya. Karena perkataan orochimaru, naruto tidak bisa mengendalikan emosinya sehingga dia menggunakan kekuatan 4 ekor yang belum dia kuasai sehingga tubuh naruto berubah menjadi nine tail berwujud kecil. Dengan kekuatan yamato, naruto berhasil dikembalikan ke wujud aslinya.
